RNA: Önemsiz bir şey mi? Her şey mi?

rna çeşitleri ile ilgili görsel sonucuBirçoğumuz  DNA’nın James D. Watson ve Francis Crick tarafından 1950’lerde (tam olarak 1953’te) keşfedildiğini düşünür…

YANLIŞ!

DNA bundan çok (nerede ise bir asır) önce keşfedildi. Watson ve Crick’in yaptığı ise 1953’te bu molekülün yapısını göstermeleri oldu. Ancak, DNA’nın molekül yapısının aydınlatılmasında Maurice Wilkins da önemli rol aldı. Dolayısı ile 1962 yılındaki Nobel Ödülünü bu üç kişi paylaştı.

Ancak, Wilkins komunist görüşlü olduğu için, kitaplarımızda sadece  Watson ve Crick’in adını görürüz!!! 

Neyse tekrar DNA’ya gelelim…

DNA’nın varlığı ilk defa 1860’larda İsviçreli bilim adamı Johann Friedrich Miescher tarafından keşfedildi. Daha sonra 1953 yılına gelene kadar onun kaltımın (genetik) esas molekülü olduğu değişik bilim insanları tarafından saptandı. Örneğin, Alman biyokimyacı Albrecht Kossel 1881’de DNA’nın yapı taşları olan ve her birini birer harfle gösterdiğimiz bazları (Adenin= A, Guanin=G, Sitozin=C ve Tİmin=T) keşfetti. Nesilden nesile, hücreden hücereye bilgi taşıyan molekülün yine DNA olduğu 1940’larda belirlendi.

RNA’lara gelince,

RNA’lar ise 1960’larda keşfedildi ve ne yazık ki önceleri bu moleküllere basit aracılar (DNA ile protein arasında iş gören) olarak bakıldı. Genetik kodun deşifre olmasında rol almalarından dolayı uzun yıllar sadece 3 çeşit RNA bildik: mesajcı RNA‘lar (mRNA) genler  tarafından proteine deşifre olmak üzere ifade edilirken, ribozomal RNA‘lar (rRNA) birkaç çeşitti ve onlarca proteinle bir araya gelerek protein sentez makineleri olan ribozomları yapıyordu. Transfer RNA‘lar (tRNA) ise genetik koda göre amino asitleri ribozomlara taşıyan moleküllerdi.

Ancak, son yıllarda RNA çeşitleri (dolayısı ile fonksiyonları) konusunda büyük bir patlama yaşamaktayız. Bugün biliyoruz ki, DNA’nın tek düze yapısına göre RNA’lar oldukça karmaşık yapı ve bolca çeşit ve nerede ise sonsuz sayıda işlevde bulunmaktadırlar. İşlevleri arasında virüslere karşı savunmadan tutun, gen susturulmasına kadar bir seri değişik fonksiyon sayılabilir. Hatta hastalıklara yakalanma rsikinden, zekamız ve daha birçok şeyin bu RNA’lar ile ilişkili olduğu düşünülmektedir. Daha da ilginci yerküre üzerinde yaşamın (yani ilk hücrelerin) ortaya çıkmasında da bu molekülün öncülük ettiği bugün yaygın bir bilimsel görüştür.

 

 

 

 

Hatta ve hatta yediğimiz içtiğimiz besinlerden gelen küçük RNA’ların sindirim sistemimiz geçerek bağırsaklarımızda kana karıştıkları, hücreler arsında dolaştıkları, hücreler arsı iletişimi sağladıkları ve bu yabancı moleküllerin bizi biz yapan her şey üzerinde etkisinin olduğu yönünde kanıtlar vardır. 

Kısacası gün geçmiyor ki yeni RNA türleri ve işlevleri belirlenmesin…

İşte size güncel hali ile RNA türleri ve işlevleri….

RNA Tipi Büyüklük (nükleotid sayısı) İşlevi Bulunduğu canlılar
Halkasal RNA (circRNA) Çeşitli sayıda mRNA’ların veya kodlama yapmayan uzun RNA’lar ın parçalarından veya bütününden yapılmışlardır. Çoğunun işlevi bilinmiyor.  

Tüm ökaryotlar

(Ökaryot= bitki, hayvan, mantar ve amip gibi tek hücreli protistler)

Cis-doğal antisens transkript (cis-NAT) Çeşitli sayıda RNAi, alternatif kesilim, genomik mühürleme ve X kromozomu inaktivasyonu gibi bir seri işlev. Tüm ökaryotlar
CRISPR RNA (crRNA) ~100 Patojenlerin DNA’sını hedefleyerek virüs enfeksiyonlarına karşı direnç sağlama Bakteri ve arkealar
Enhancer RNA (eRNA) ~50-2,000 Gen ifadesi Memeliler
Rehber RNA (gRNA) ~20-50 Mitokondriyal mRNA’ların düzeltilmesi (edit etme) Kinetoplastid protistler
Kodlama yapmayan uzun RNA’lar (lncRNAs) >200 Bazıları düzenleyici işleve sahip. Diğer birçoğu sitoplazma görev yapıyor.  Tüm organizmalar
Mesajcı RNA (mRNA)  ~100,000 Protein kodlarlar Tüm organizmalar
MikroRNA (miRNA) ~22 Gen regülasyonu Ökaryotların çoğu
Parazitik RNA Çeşitli sayıda Virus, viroid, retrotransposon ve satelit viruslerinin çoğalması Enfekte olmuş ökaryotlar ve bakteriler
Piwi-RNA (piRNA) ~26-31 Transpozon savunması Hayvanların çoğu
Ribonükleaz MRP (Mitokondrial RNA’yı işleyen endoribonükleazın bileşeni; RNase MRP) 277 (insan) rRNA olgunlaşması, DNA replikasyonu Tüm ökaryotlar
Ribonükleaz P (RNase P) 341 (H1 RNA bileşeni) tRNA’ların olgunlaşmasını sağlayan katalitik bir ribozim Tüm organizmalar
Ribozomal RNA (rRNA) Ribozomun küçük parçası: 1,542 (prokaryot), 1,869 (eukaryote); Ribozomun büyük parçası: 2,906 (prokaryot), 5,070 (ökaryot) Translasyon (protein sentezi) Tüm organizmalar
Saç tokası şeklindeki kısa RNA’lar (shRNAs) ~19-29 Gen regülasyonu Ökaryotların çoğu
Sinyal tanıma RNA parçacığı (7SLRNA or SRP RNA) ~300 (ökaryot) Prokaryotlarda proteinleri hücre zarına yönlendirirken, ökaryotlarda proteinleri endoplazmik retikuluma yönlendirir. Tüm organizmalar
Küçük Cajal cisimcik-özellikli RNA (scaRNA) ~130-300 RNA’larda nükleotid modifikasyonu Ökaryotlar
Gen ifadesine müdahele eden küçük RNA’lar (siRNAs) ~20-25 Gen regülasyonu Ökaryotların çoğu
Küçük nüklear RNA’lar (snRNAs) ~150 Uç birleştirme Ökaryotlar ve arkealar
Küçük nükleolar (çekirdekçik) RNA’lar (snoRNA) 70-120 RNA’larda nükleotid modifikasyonu Ökaryotlar ve arkealar
SmY RNA ~70-90 Trans-birleştirme (iki farklı mRNA’dan eksonları birleştirme) Nematodlar (kurtçuklar)
Kesilmiş lider RNA (SL RNA) 100 (C. elegans kurtçuğu) Trans-birleştirme ve RNA işlenmesi Basit ökaryotlar ve nematodlar
Telomeraz bileşeni RNA (TERC) 541 (insan) DNA replikasyonu sırasında telomerlerin devam etmesi Ökaryotların çoğu
Transfer RNA (tRNA) ~76-90 Translasyon (protein sentezi) sırasında amino asitleri uzayan peptid zincire taşıma Tüm organizmalar
Transfer-mesajcı RNA (tmRNA) 325-400 Trasnlasyon sırasında ribozomlar çakılıp kaldıklarında onları tekrar hareket geçirir Bakteriler
Vault RNA (vtRNA) ~80-150 Kodlama yapmayan RNA’lar olup, sitoplazmik vault organelleri ile birlikte bulunurlar; işlevleri bilinmiyor Ökaryotlar
Y RNA ~85-112 RNA işlenmesi, DNA replikasyonu Hayvanlar ve bakteriler

Birkaçı için mekanik etkileşim ve işlev verirsek:

CRISPR RNA (crRNA): crRNA (turuncu)  Cas9 enzimine  DNA-kesen dizilere bağlı halde.

Messenger RNA (mRNA): RNA polymerase II (blue) transcribes mRNA (red) from DNA (gray).
Mesajcı RNA (mRNA): RNA polimeraz II (mavi) DNA’dan (gri) mRNA (kırmızı) yapar.

Ribozomal RNA (rRNA): Ribozomlardaki rRNA (sarı) mRNA ile etkileşerek peptid bağının oluşumunu katalizler.

MicroRNA (miRNA): miRNAs, such as this one, hsa-miR-133a, regulate post-transcriptional gene expression.
MicroRNA (miRNA): miRNA’lar transcripsiyon (RNA yapımı) gen ifadesini düznlerler

Transfer RNA (tRNA): During protein synthesis, tRNAs work with ribosomes to add their bound amino acids to the chain as they work to decode the mRNA.
Transfer RNA (tRNA): Protein sentezi sırasında  tRNA’lar ribozomlarla birlikte çalışarak taşıdıkları amino asitleri mRNA üzerindeki şifreye göre peptid zincirine eklerler.

hist
Enhancer (etki arttırıcı) RNA (eRNA): eRNA  CREB-bağlanma proteinine (CBP) bağlanarak gen ifadesini arttırır.

Extracellular RNA (exRNA): exRNA travels outside of cells and aids in cellular communication.
Hücre dışı RNA RNA (exRNA): exRNA hücre dışına çıkar ve hücrelerin birbiriyle iletişiminde rol alır.

Guide RNA (gRNA): CRISPR-associated protein Cas9 (white) is bound to gRNA (orange) and target DNA (yellow).
Rehber RNA (gRNA): CRISPR-ilşkili protein Cas9 (beyaz) gRNA’ya (turuncu) bağlanır ve DNA’yı (sarı) hedefler.

 


RNA: Önemsiz bir şey mi? Her şey mi?” için bir yanıt

Bir Cevap Yazın

Aşağıya bilgilerinizi girin veya oturum açmak için bir simgeye tıklayın:

WordPress.com Logosu

WordPress.com hesabınızı kullanarak yorum yapıyorsunuz. Çıkış  Yap /  Değiştir )

Google fotoğrafı

Google hesabınızı kullanarak yorum yapıyorsunuz. Çıkış  Yap /  Değiştir )

Twitter resmi

Twitter hesabınızı kullanarak yorum yapıyorsunuz. Çıkış  Yap /  Değiştir )

Facebook fotoğrafı

Facebook hesabınızı kullanarak yorum yapıyorsunuz. Çıkış  Yap /  Değiştir )

Connecting to %s